Для того чтобы удалить все личные сообщения от конкретного пользователя из всех аккаунтов, нужно выполнить два SQL-запроса:
DELETE FROM ibf_message_text WHERE msg_author_id = xx
DELETE FROM ibf_message_topics WHERE mt_from_id = xx
где xx = id пользователя, PM кторого нужно удалить.